정부가 장기보유특별공제를 보유기간 중심에서 거주기간 중심으로 대폭 개편하는 소득세법 개정을 추진하면서 1주택자의 세 부담이 증가할 것이란 우려가 커지고 있다. 특히 이러한 정책이 시행될 경우, 직장 이동이나 임대의 필요로 인해 실거주 요건을 충족하지 못한 1주택자는 세금에서 큰 불이익을 받을 수 있다. 현재 국회에서 발의된 개정안은 보유기간과 거주기간의 합산 공제를 폐지하고, 오로지 거주기간 기준으로 최대 80%의 공제만 인정받도록 하고 있다.

현행 제도에 따르면, 1주택자는 장기간 보유와 실거주 요건을 모두 충족할 경우 최대 80%의 공제를 받을 수 있다. 하지만 개정안이 시행되면 10년 이상 장기 보유하더라도 실거주 요건을 채우지 못하면 공제율이 현행 40%에서 사실상 0%로 떨어질 수 있다. 이는 특히 직장 이동이나 임대 활용 등의 이유로 실거주 요건을 충족하지 못한 경우에 세 부담이 크게 증가할 것이라는 관측을 낳고 있다.

또한 세법에서 ‘거주기간’의 판단 기준은 단순한 주민등록 전입 여부를 넘어, 신용카드 사용 내역, 휴대전화의 기지국 접속 기록 및 공공요금 사용량 등을 종합적으로 고려하여 결정되며, 이로 인해 적용 과정에서의 불확실성이 커질 것이라고 전문가들은 분석하고 있다. 장기보유특별공제는 원래 높은 양도소득세 부담을 완화하기 위한 제도로 도입되어, 물가 상승에 따른 명목 이득에 대한 과세를 조정할 수 있도록 마련된 제도였다. 하지만 이번 개편은 이러한 기능을 약화시켜 자산의 보유 및 처분 시기에도 직접적인 영향을 미칠 가능성이 있다.

사전 분석의 미비도 문제로 지적되고 있다. 국회 보건복지위원회 소속 김미애 의원은 관련 법안의 영향 분석이 제대로 이루어지지 않았다고 강조하며, 향후 세수 변화 및 납세자의 행동 변화에 대한 예측이 어렵다는 점을 우려하고 있다. 보고서에 따르면 국세청은 현행 거주기간 기준으로 한 주택 보유 및 양도 현황 통계를 보유하고 있지 않으며 이에 따라 개정안으로 인한 세수 효과를 추계하기가 힘든 실정이다.

김 의원은 “세제 개편은 납세자의 경제적 의사결정 및 시장에 직접적인 영향을 미치기 때문에 충분한 데이터와 분석이 선행되어야 함”을 강조하며, "기초 통계조차 없는 상태에서 제도를 전환하는 것은 정책 리스크를 증가시킬 수 있다"고 밝혔다. 이는 장기 보유자에게 세 부담의 급격한 변화가 일어나면서 1주택자의 보유 전략과 거래 시점에 직접적인 영향을 줄 수 있다는 점에서, 보다 신중한 접근이 필요하다는 목소리를 높이고 있다.